Anexo:Segunda fase de la Copa Sudamericana 2016

En la segunda fase de la Copa Sudamericana 2016 participaron treinta equipos, de los cuales dieciséis provenían de la primera fase, los restantes, son de Argentina y Brasil, que comenzaron a competir desde esta etapa. Cada llave se disputó a dos partidos; cada cuadro jugó una vez de local, de manera que aquel que obtuvo más goles a lo largo de los dos encuentros clasificó a la segunda fase. En caso de empate en el total de goles, se aplicó la regla del gol de visitante y si aún persistía el empate se realizó una tanda de penales, sin prórroga previa.

Esta etapa comenzó el 14 de agosto de 2016, una vez concluida la Primera fase. El sorteo (como el de la fase anterior y los octavos de final) fue realizado en Santiago de Chile, el 12 de julio de 2016.