Torneo de Reserva 1998-99

El Torneo de Reserva 1998-99 fue la quincuagésimo octava edición del certamen organizado por la Asociación del Fútbol Argentino.

Participaron un total de 17 equipos, todos participantes de la Primera División 1998-99.

El certamen consagró campeón por undécima vez en su historia a San Lorenzo de Almagro.^[1]​

De los 20 equipos, participaron 17 en esta edición ya que Belgrano de Córdoba, Talleres de Córdoba y Gimnasia y Esgrima de Jujuy desistieron:

Región	Cant.	Equipos
Ciudad de Buenos Aires	7	Argentinos Juniors, Boca Juniors, Ferro Carril Oeste, Huracán, River Plate, San Lorenzo de Almagro y Vélez Sarsfield
Conurbano bonaerense	4	Independiente, Lanús, Platense y Racing
Provincia de Santa Fe	4	Colón, Newell's Old Boys, Rosario Central y Unión
Ciudad de La Plata	2	Estudiantes de La Plata y Gimnasia y Esgrima La Plata

Se llevó a cabo en dos ruedas, por el sistema de todos contra todos, invirtiendo la localía. La tabla final de posiciones del torneo se estableció por acumulación de puntos. El ganador se consagró campeón.^[1]​

Pos.	Equipo	Pts.	J	DG	GF
1.°	San Lorenzo de Almagro	62	31	16	59
2.°	Estudiantes de La Plata	60	32	13	39
3.°	Boca Juniors	49	30	18	54
4.°	Lanús	49	29	6	37
5.°	Rosario Central	46	32	7	50
6.°	River Plate	44	30	0	42
7.°	Newell's Old Boys	42	28	3	43
8.°	Huracán	41	28	3	40
9.°	Racing	41	31	2	47
10.°	Colón	35	30	3	36
11.°	Ferro Carril Oeste	35	28	-4	39
12.°	Independiente	33	28	-3	43
13.°	Vélez Sarsfield	31	25	-3	26
14.°	Platense	29	28	-7	32
15.°	Gimnasia y Esgrima La Plata	28	28	-19	17
16.°	Unión	25	29	-18	36
17.°	Argentinos Juniors	20	27	-17	24

Campeón.

Campeón San Lorenzo de Almagro 11.º título