El antecesor histórico de la Copa Santa Fe es la Copa Campeón de Campeones de Santa Fe, una competencia en la que los equipos campeones de cada una de las ligas regionales de la provincia de Santa Fe competían entre sí para lograr el título provincial. El torneo gozaba de una gran jerarquía ya que enfrentaba a los clubes más fuertes de toda la provincia.
Luego de un tiempo la Copa Campeón de Campeones de Santa Fe dejó de disputarse, y unos años después durante la década del 2000 apareció la Copa Federación, torneo que buscaba asemejarse a su antecesor pero que no tuvo el mismo éxito, jerarquía e importancia ya que muchos clubes campeones rechazaban su cupo y la Federación Santafesina de Fútbol debía realizar invitaciones a otros equipos para poder llevar a cabo el torneo. Por esta razón la Copa Federación se convirtió en una competencia en la que la mayoría de los participantes son clubes amateurs y/o que no gozan de gran peso en sus respectivas ligas regionales.
En 2016, la Federación Santafesina de Fútbol planteó la idea de volver a realizar una competencia prestigiosa entre los clubes más grandes de la provincia, naciendo así la Copa Santa Fe.[3][4]
El formato de la Copa Santa Fe presenta muchas similitudes con la Copa Argentina y, al igual que dicha competición, ha experimentado ligeros cambios a lo largo de sus distintas ediciones. Sin embargo, siempre ha manteniendo como regla general que todas las instancias son de eliminación directa, ya sea ida y vuelta o a partido único. Si una serie finaliza empatada en el global, se define por penales.
↑La serie entre Colón de Santa Fe y Unión de Santa Fe, correspondiente a los cuartos de final, no se disputó debido a que los clubes no llegaron a un acuerdo para definir las fechas de los partidos. El Tribunal Disciplinario de la Federación Santafesina de Fútbol descalificó a ambos equipos del torneo y les dio la serie por perdida.[5][6]