La Copa Presidente 1999-2000 fue la primera edición del torneo Copa Presidente. Sus resultados son poco conocidos, ya que solo se tienen registros de las semifinales y la final.
Fase eliminatoria
Equipos calificados
Los nueve ganadores de grupo y los tres mejores segundos clasificados de la fase de grupos se clasifican para la fase final.
| Equipo
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Calificación
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Equipo divisional
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Zona
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| Atlético Balboa
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Ganador del grupo
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Liga de Ascenso
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Zona Oriental
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| Mar y Plata
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Ganador del grupo
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Equipo divisional
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Zona Oriental
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| CD Dragón
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Ganador del grupo
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Equipo divisional
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Zona Oriental
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| CD Luis Ángel Firpo
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Ganador del grupo
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Liga Mayor
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Zona Central
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| San Luis
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Ganador del grupo
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Equipo divisional
|
Zona Central
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| Atlético Marte
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Ganador del grupo
|
Equipo divisional
|
Zona Central
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| ADET
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Ganador del grupo
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Equipo divisional
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Zona Occidental
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| CD FAS
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Ganador del grupo
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Liga Mayor
|
Zona Occidental
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| AD Isidro Metapán
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Ganador del grupo
|
Equipo divisional
|
Zona Occidental
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| CD Águila
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Mejor equipo en segundo lugar
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Liga Mayor
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Zona Oriental
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| CD Chalatenango
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Mejor equipo en segundo lugar
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Equipo divisional
|
Zona Central
|
| Once Lobos
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Mejor ganador del segundo lugar
|
Equipo divisional
|
Zona Occidental
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Equipos semifinalistas
Los tres ganadores de grupo y el mejor segundo clasificado de la fase de grupos de cuartos de final se clasifican para la semifinal.[1]
| Equipo
|
Calificación
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Equipo divisional
|
Zona
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| CD Luis Ángel Firpo
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Ganador del grupo
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Liga Mayor
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Zona Central
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| CD FAS
|
Ganador del grupo
|
Liga Mayor
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Zona Occidental
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| Atlético Balboa
|
Ganador del grupo
|
Liga de Ascenso
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Zona Oriental
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| CD Águila
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Mejor equipo en segundo lugar
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Liga Mayor
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Zona Oriental
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Semifinales y Final Nacional
Final
| Campeón de la Copa Presidente 1999-2000
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| Águila
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| 1° Título[2][3]
|
Referencias
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LA Firpo
FAS 
Atlético Balboa
Datos: Q96417365