Un exagente de la CIA llamado John Reese es reclutado por un solitario millonario llamado Harold Finch para resolver una trama antes de que ocurra un crimen y su primer trabajo es inmiscuirse en la vida de una ayudante de fiscal señalada por la máquina que aparentemente tiene conexiones con policías corruptos.

En su segunda misión, Reese tiene que proteger a una niña huérfana que, sin saberlo, una herencia familiar que es la causante de la fragmentación de su familia.

Reese se infiltra en un grupo de paramilitares ladrones de bancos para salvar a uno de sus miembros que fue señalado por La Máquina.

La máquina señala a una doctora con un interés obsesivo por un banquero, ya que este es un violador que le arruinó la vida a su fallecida hermana.

Un juez es extorsionado por delincuentes europeos para que libere a una ejecutiva que en realidad lava su dinero sucio.

Una ''arregladora'' llamada Zoe Morgan está investigando a una compañía farmacéutica responsable de la muerte de una de sus empleadas.

Un ''profesor de historia'' (que en realidad es un peligroso criminal llamado Carl Elias) es víctima de una trama de la mafia rusa.

Un asesino de elite alemán a quien se creía muerto, regresa para vengarse de aquellos que lo traicionaron.

Mientras Carter es un objetivo a eliminar, Reese se reencuentra con Mark Snow, un antiguo compañero de la CIA quien le tiende una emboscada.

Cuatro personas sin relación entre sí, son víctimas de una peligrosa trama criminal.

Un conserje de un bloque de apartamentos es investigado por la máquina por ser en apariencia un acosador.

Una abogada honesta se mete en una peligrosa trama de corrupción a fin de salvar a un cliente encarcelado injustamente.

Un hombre es injustamente acusado del asesinato de un congresista por culpa de una peligrosa hacker que se hace llamar ''Root''.

Un niño pandillero de Brooklyn desea vengarse de los responsables del asesinato de su hermano mayor.

Un policía encubierto es consciente de que miembros de "HR" (Recursos Humanos) pueden arruinar su tapadera frente a unos pandilleros latinos.

Un corredor de bolsa es relacionado injustamente en una estafa financiera que puede arruinar su relación con su padre adoptivo.

Reese se ve obligado a proteger a un bebe recién nacido que es víctima de unos matones contratados por una celopata multimillonaria.

Un hombre víctima de una clonación de identidad se hace pasar por un traficante de anfetaminas para acercarse al responsable de su desgracia.

Los jefes de la mafia son víctimas de la oscura trama de Carl Elias.

Tommy Clay es en apariencia un padre de familia, pero en realidad planeaba el robo de un banco y una negociación con el corrupto jefe de HR, Artie Lynch.

Una mujer en apariencia fugitiva de la justicia, en realidad sufre el acoso de su violento esposo.

Un empleado del gobierno sufre la ira del mismo después de inmiscuirse en los asuntos de La Máquina.

HR planea deshacerse de una psicóloga involucrada en una violenta trama.

Después de matar a Alicia Corwin, Root mantiene cautivo a Finch, mientras Reese sigue su pista a través de un contable que tiene problemas con la Hermandad Aria, al final salva a un perro al que llama "Bear".

Reese se dirige a texas junto con Carter para salvar a Finch, a través de una pista que conecta a Root con su pasado.

La hija de un diplomático brasileño es el objetivo a casar de un estafador que se hace pasar por su novio.

Un matón irlandés tiene que protegerse de sus antiguos compañeros que le quieren matar.

Reese tiene que proteger a una periodista que es el próximo objetivo a cazar de HR.

Reese y Zoe Morgan se hacen pasar por un matrimonio en un condominio en Long Island para salvar a un exladrón de bancos con un sentido de honestidad.

Una doctora lesbiana se ve extorsionada por un cazarrecompensas británico que amenaza con matar a su esposa.

El matrimonio de los Drake está a punto de romperse debido a las rencillas de ambos.

Un disidente cubano se ve en problemas al adquirir un objeto de valor.

Reese ayuda a una pareja de veteranos de guerra a recuperar el dinero que les fue arrebatado por culpa de un inescrupuloso ejecutivo, al final del episodio, Reese es arrestado.

Mientras Reese esta en la cárcel, Harold Finch se inmiscuye en la vida de un adolescente genio de las matemáticas con problemas emocionales.

Reese es puesto a prueba en la cárcel para evitar que Donelly descubra su tapadera, aunque logra salir de prisión, es emboscado por Kara Stanton, a quien creía muerta en Ordos.

Kara Stanton orquesta una mortal jugarreta con Reese y Snow para vengarse de ellos por intentar matarla, pero al final es eliminada por Snow cuando este detona su chaleco explosivo en su automóvil.

En su primera misión fuera de la cárcel, Reese tiene que proteger a un inteligente pero inmaduro genio del software que por su actitud y personalidad, puede ser asesinado por los que en apariencia eran sus amigos.

Una limpiadora de origen albanés en un hotel sufre la persecución de unos asesinos del gobierno serbio por ser testigo de la muerte de su familia a manos de un militar corrupto.

La Máquina señala a una disidente agente del ISA llamada Samanta Shaw que increíblemente trabajaba para personas que saben de la existencia de la misma.

Alan Fahey, un asesino en serie se hace pasar por agente del FBI hasta que Finch llega a desenmascararlo.

Un veterano apostador puede ser la tapadera perfecta para un inescrupuloso empresario dueño de un casino, mientras el detective Szymanski es víctima de un montaje planeado por Alonzo Quinn, quien termina acabando con su vida.

Mientras Reese y Finch protegen a una mujer testigo de prácticas inescrupulosas en una empresa tecnológica, Cal Beecher se acerca demasiado a la verdad, lo que termina costándole la vida.

Un médico veterano es víctima de una mortal trampa biológica, a la vez Fusco es investigado por la muerte del detective Stills (quien fue asesinado por Reese en el episodio piloto).

Cuando un virus provocado por Greer deja casi inservible la máquina, Finch es amenazado por Root para que le ayude a encontrar el origen de la misma.

Después de reactivarse la máquina, Reese sigue la pista de Finch hasta una instalación gubernamental en el estado de Washington donde una confrontación acaba con el consejero especial muerto y con Root traumatizada y encerrada por Harold Finch en un manicomio.

El Equipo tiene la tarea de proteger a un marine que está a punto de experimentar la peor amenaza de su vida, debido a unos diamantes que su amigo robó a unos mercenarios.

Un empresario creador de una red social en internet sufre el acoso de un grupo de ciberterroristas llamados Vigilance, que promueven la privacidad de las personas en internet.

Shaw, Carter y Zoe Morgan se infiltran en una fiesta nocturna para averiguar de la vida de Ian Murphy, un padre soltero en apariencia, un sociopata encantador, que en realidad tiene problemas con su suegro,a la vez, Root escapa del manicomnio no sin antes dispararle a Hersh.

Una abogada defensora tiene problemas con la justicia tras la aparente muerte de su esposo.

Shaw se ve en la misión de proteger a una niña rusa de 10 años que sabe mucho de la trama del tráfico de drogas que hay en Bronx, New York, trama que por supuesto involucra a los traficantes y a HR, liderado por Simmons y Quinn.

Un investigador estatal es el objetivo de Vigillance, debido a que su hermano adoptivo tiene cuentas pendientes con el grupo liderado por Peter Collier, mientras Shaw se ve envuelta en un juego urdido por Root, que al final es atrapada y encerrada en la biblioteca por Finch.

Hayden Price es en apariencia un Psiquiatra eficiente, en realidad es un estafador que se verá en problemas al meterse en los negocios turbios del corrupto oficial Patrick Simmons, mientras Carter da con evidencia para derribar a HR, no sin antes eliminar a Raymond Tierney.

Carter inicia una guerra sucia entre los Rusos y los policías corruptos de HR, con tal de hacerlos caer.

Reese es víctima de una cacería humana por todo New York, después de ayudar a Carter a llevar a Alonzo Quinn ante la justicia.

Patrick Simmons es buscado intensamente por la justicia por sus múltiples crímenes, entre las personas que lo buscan está Reese, quien quiere vengar la muerte de Carter, al final Simmons es asesinado por orden de Carl Elias.

Recuerdos de la adolescencia de Finch proporcionan conocimientos sobre la creación de la máquina. Además, el equipo recibe el número de un hombre ya moribundo, y Reese deja al equipo "POI" como consecuencia de la guerra con la organización criminal HR.

Root es disparada y capturada por Control. Además, se revela que Arthur ha hecho una copia de Samaritan antes de que fuera destruida. Harold le revela a Arthur que La Máquina existe y lo convence de que destruya a Samaritano.

Reese aborda un avión para escaparse de su vida anterior pero la máquina le cambia el itinerario, haciéndole tomar un vuelo que lo llevará a salvar una vida.

El siguiente caso del equipo es el de Kelli Lin, una ex gimnasta olímpico que ganó la medalla de plata y que luego se revela como un ladrón de antigüedades que ha sido siempre perseguido por la Interpol.

Cuando el número de Sandra, una operadora del 911, aparece, Harold se infiltra en el centro de llamadas 911. Más tarde, un niño es secuestrado y la llamada se enrutada específicamente a Sandra, a quien le ordenan eliminar los registros de llamadas a cambio de la vida del niño.

En 2010, Harold estaba trabajando con un hombre llamado Dillinger (Neil Jackson), un mercenario ex Blackwater que realiza las mismas funciones que actualmente desempeña Reese. El nuevo número es el de Daniel Casey (Joseph Mazzello), un hacker que pone a prueba los sistemas de seguridad informática. Ellos pronto descubren que varias partes están tratando de eliminar Casey, incluyendo Reese y Stanton (secretamente organizado por Control). Dillinger salva a Casey y lo lleva a Harold, que se da cuenta de que el último trabajo de Casey era encontrar una manera de acceder a "La Máquina".

La Máquina ordena a Root a realizar varias tareas, como ayudar a escapar un convicto y usarlo para hacerse pasar por un empleado del Departamento de Defensa con el fin de obtener una nota secreta. Después, ella y el equipo de Harold casualmente llegan a la misma persona, un conserje. Más tarde resulta que la NSA ha estado probando un chip de supercomputación avanzada y el conserje fue una de las 15 personas que tenían acceso al laboratorio de desarrollo. Esto hace que tanto Décima y Vigilancia vengan tras él. Mientras que Harold y las asignaciones de su equipo eran para proteger al portero, Root tuvo que impedir que el chip cayera en manos de Décima. Son capaces de salvar al portero, pero Décima obtiene el chip.

El equipo recibe el número de Maria Martinez (Nazneen Contractor), una ingeniera que trabaja para la compañía internacional de energía HydralCorp. La siguen y se enteran de que ella está trabajando para limpiar el nombre de Omar Risha (Haaz Sleiman), un hombre de Irak sospechoso de ser un terrorista.

El equipo es testigo de su nuevo número, Leona Wainwright es asesinada por un coche bomba. Ella trabajaba para las autorizaciones de seguridad de gestión del gobierno; Finch deduce de la información del celular que fue asesinada por Vigilancia. Su próximo número, el fiscal Mateo Reed (Nestor Carbonell), llega poco después, y Reese y Shaw se envían a una reunión de secundaria en Westchester para impedir el futuro asesinato.

El nuevo número es el congresista Roger McCourt (John Heard), un negociador autodenominado; el equipo está desconcertado al principio, ya que él no tiene enemigos y no parece haber ningún peligro para su vida. Con el tiempo descubren una conexión con Décima: McCourt admite estar de acuerdo para ayudar a Décima con una legislación favorable en el Congreso (de conceder el acceso Décima a la vigilancia del gobierno) y así poder encontrar a Finch con Samaritano. Reese llega a la conclusión de que ellos son el único peligro ya que la máquina los marcó para que los asesinen y así mantener oculto al equipo.

Con Finch habiendo desaparecido, Décima inicia su plan con Samaritan, y cuando no puede encontrar a Finch, buscan su vínculo más estrecho y el número recibido es el de su novia, Grace. La máquina también proporciona el número de Grace como resultado, y Reese, Shaw y Root trabajan para protegerla mientras evaden a Décima, que usa a Samaritano para espiarlos dentro de la gama de Nueva York.

En una serie de FlashBacks a 2010, la narrativa revela la historia de fondo de Collier, el rostro de Vigilancia.

Los FlashBacks muestran cómo Collier fue reclutado por Vigilancia. Reese y Hersh buscar el lugar de celebración del juicio. El asistente presidencial se para en el podio, y Collier lo mata después de que él se convierte en desafiante. El senador se niega a identificar a su superior, pero sin darse cuenta delata que él reporta a Control. Finch se pone de pie y le confiesa que él es el autor de La Máquina. Con un puesto de mando de Vigilancia ahora comprometida, Collier lleva a Finch, Greer y al senador a un lugar seguro. Samaritano es puesto en línea. Shaw, Root, Reese y Finch se dirigen en diferentes direcciones con nuevas identidades para evitar ser rastreados. Samaritano le pide a Greer indicaciones. Greer le pregunta qué debe hacer ahora su equipo. El episodio finaliza con la pantalla de Samaritano mostrando "Calculando Respuesta".

Obligados a asumir nuevas identidades creadas por Root, el equipo trata de adaptarse a su nueva vida. Sin embargo, para algunos es difícil ignorar los números de la máquina, que los pone a todos en riesgo de ser detectados por Samaritano.

A pesar de no querer ayudar con los nuevos números, el interés de Finch se despierta cuando la persona de interés más reciente resulta ser un brillante estudiante universitario involucrado en una misteriosa búsqueda del tesoro.

Finch recluta a Fusco para quedarse cerca de la última POI, una «copiloto» profesional, pero aprender cómo acercarse a las mujeres pronto se convierte en la última de sus preocupaciones. Reese debe encontrar la manera de jugar con las reglas en su nuevo trabajo del día. La Máquina envía a Finch y Root en una misión misteriosa.

El trabajo encubierto de Reese como detective en la policía de Nueva York se complica cuando los jovenes hermano y hermana que él está protegiendo se convierten en blancos de una investigación de pandillas.

Finch sospecha cuando el número de un talentoso encuestador político surge al mismo tiempo que sus tipicamente acertadas predicciones fallan, y cree que los dos acontecimientos están relacionados. Reese es apartado por una orden directa de Moreno.

Reese, Shaw y Fusco deben proteger a un empleado de oficina sin pretensiones que se ve inmerso en una peligrosa conspiración mientras trabaja pluriempleado como falso detective. Mientras tanto, Finch viaja a Hong Kong como parte de su identidad académica encubierta.

Shaw se une a una banda internacional de ladrones para vigilar al último Número, pero las cosas se complican y corre peligro de ser descubierta por Samaritano. Por su parte, Finch y Root emprenden una peligrosa misión de sabotaje.

Reese se presenta voluntario como instructor en la policía para vigilar a un brillante joven oficial cuya actitud ha despertado sus sospechas. Mientras tanto, Martine, con información de Samaritano, trata de dar caza a un miembro del equipo.

Reese y Finch se ven envueltos en una lucha de poder entre bandas por el control de la ciudad después de que Elias se convierta en el objetivo de Dominic, el líder de la Hermandad.

Samaritano demuestra su verdadero poder eliminando el crimen de la ciudad durante un día en un intento de forzar a La Máquina a salir a la superficie.

Samaritano lanza un ciberataque a la Bolsa, obligando al equipo a arriesgar sus vidas en una misión desesperada para detener una catástrofe a nivel global.

Control, que supervisa las decisiones sobre los números relevantes para el Gobierno, empieza a cuestionar los medios e intenciones de Samaritano. Además, empiezan a aparecer noticias sobre un par de justicieros violentos.

Reese y Root investigan un pequeño pueblo al norte de Nueva York que tiene la clave del paradero de Shaw y sobre qué ha podido ocurrirle.

La Máquina consigue que Finch forme parte del jurado en un juicio de asesinato, y éste sospecha que otro miembro del jurado está tratando de alterar el procedimiento. Reese empieza a sincerarse con la psicóloga de la policía.

Reese intenta proteger a un programador con una vida paralela, pero no está claro de qué parte de su vida proviene la amenaza. Mientras tanto, Claire, la joven hacker a la que Finch trató de proteger de Samaritan, vuelve para pedirle ayuda.

Reese y Finch intentan proteger a una avispada timadora llamada Harper cuando falla su plan de robar el dinero de un dispensario de marihuana medicinal.

Reese y Finch tratan de proteger a un psicólogo con métodos poco ortodoxos para ayudar a sus pacientes que podrían ponerle en peligro mortal.

Reese debe proteger a una cazarrecompensas que se niega a dejar que la posible amenaza a su vida le impida continuar con la búsqueda incesante de su objetivo. Además, Finch intenta armar el plan que inició en Hong Kong.

Reese y Finch luchan para proteger a un director ejecutivo de software (Aasif Mandvi) cuando su comportamiento se vuelve cada vez más errático tras un ataque de hackers que revela todos sus secretos y desentraña su vida.

Reese se encuentra en un peligroso viaje personal cuando toma un caso de homicidio que la detective Carter nunca fue capaz de cerrar.

Reese y Fusco quedan atrapados en la guerra entre las dos más recientes personas de interés, los rivales y jefes del crimen Elias y Dominic. Además, una tentadora pista sobre el paradero de Shaw lleva a Finch y a Root a una posible trampa, y Control intenta por su cuenta descubrir las verdaderas intenciones del programa Samaritan.

Finch y Root se apresuran a salvar a La Máquina, que ha sido localizada por la I.A. rival, Samaritan. Además, Reese se ve atrapado en medio del enfrentamiento final entre los rivales y jefes del crimen, Elias y Dominic.

Reese y Finch intentan rescatar el código fuente de la máquina antes de que se deteriore irreparablemente. Además, Root lucha por su vida ante la arremetida de agentes de Samaritan y Fusco se enfrenta a preguntas difíciles tras la muerte de Dominic y Elias.

La Máquina experimenta un fallo técnico durante su reinicio, suministrando a Reese y Fusco los números de docenas de personas que no están involucradas en crímenes; al mismo tiempo, rastrea a Finch y a Root tras identificarlos como amenazas al basarse en sus comportamientos violentos en el pasado.

La tapadera de Reese podría volar cuando se da cuenta que el último POI tiene vínculos con sus antiguos colegas de la CIA.

Shaw escapa de sus captores, pero el equipo no está seguro sobre su estado mental cuando comienza a actuar de forma paranoica e imprudente.

Reese protege a un analista de la policía de Nueva York cuya investigación sobre un fallo de software ha llamado la atención de Samaritan. Además, Reese y Fusco son amenazados por un aliado de Elias, que busca vengar la muerte de su amigo.

La Máquina envía a Reese y a Finch a una boda para proteger a un par de personas de interés antes de sus nupcias. Además, Fusco se molesta por haber sido mantenido a un margen por el equipo, por lo que investiga por su cuenta un serie de reportes de personas desaparecidas.

Root se infiltra en una estación de radio para proteger al conductor de un programa de teorías de conspiración que se topa con información que podría hacer que lo maten. Además, los agentes de Samaritan tratan de convencer a un miembro del equipo de que sus objetivos son nobles.

Reese y Finch quedan atrapados en un hospital que se convierte en el epicentro de un brote viral mortal. También, el nuevo recluta de Samaritan tiene dudas y Shaw continúa luchando con la realidad.

El misterioso criminal y mente maestra conocido como «La Voz» regresa y atrapa a Reese y Fusco en su propio recinto junto con varios miembros de bandas armados y la última persona de interés. Además, Root hace un sorprendente descubrimiento.

Surge el número de Finch cuando un error personal destruye su identidad falsa y se desencadena una creciente serie de encuentros mortales con operativos de Samaritano.

El equipo debe desentrañar una conspiración y mantenerse por delante del Servicio Secreto cuando el Presidente de los Estados Unidos se convierte en la más reciente persona de interés. Además, Finch se separa del equipo y considera tomar medidas drásticas para combatir a Samaritano.

Mientras Reese y Shaw tratan de alcanzar a Finch, él se infiltra en una instalación del gobierno de máxima seguridad en una misión desesperada que podría significar no solo el fin de Samaritano, sino también de la máquina y él mismo.

Finch, Reese, Fusco y Shaw se embarcan en una última misión para prevenir que Samaritano destruya a La Máquina y consolide su control sobre la humanidad.